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病原微生物檢測 | 納米磁珠助力mNGS

mNGS技術直接針對標本中核酸無偏倚檢測病原微生物序列,提取的核酸及構(gòu)建文庫的質(zhì)量是mNGS數(shù)據(jù)準確的關鍵要素。

01 兒童不明肝炎重癥率達到10%


2022年4月以來,世衛(wèi)組織(WHO)5個區(qū)域的33個國家向世衛(wèi)組織報告了650例病因不明的兒童急性肝炎疑似病例,其中至少38例兒童需要進行移植,已向世衛(wèi)組織報告了9例死亡(媒體公開信息報道)。不斷增長的不明原因兒童肝炎病例數(shù),時刻牽動著大家的心。目前,病因尚無定論,但在致病原因調(diào)查中,腺病毒和新冠病毒被認為有很大嫌疑。



02 mNGS是不明病原微生物分析重要手段

2022年4月23日WHO發(fā)布了針對不明原因兒童急性嚴重肝炎的診斷建議,但并無具體診斷和治療方案意見。我國雖然尚無相關病例報告,國家重大公共衛(wèi)生事件醫(yī)學中心組織相關專家,根據(jù)已有的相關臨床和實驗室數(shù)據(jù)及新近國際兒童急性肝衰竭的處置流程或指南,編制了“不明原因兒童嚴重急性肝炎診斷和治療專家建議”。 經(jīng)普通臨床檢測仍無法明確診斷者,需要針對患者的血液、呼吸道分泌物、糞便、體液、肝穿組織等樣本進行病原宏基因組二代測序(metagenomicnext generation sequencing,mNGS)。

mNGS技術直接針對標本中核酸無偏倚檢測病原微生物序列,提取的核酸及構(gòu)建文庫的質(zhì)量是mNGS數(shù)據(jù)準確的關鍵要素。mNGS檢測流程基本包括標本采集、核酸提取、文庫制備、上機測序、數(shù)據(jù)庫比對、報告生成及結(jié)果解讀等一系列過程(圖1)。其中,核酸提取、PCR產(chǎn)物純化、片段篩選過程都可以使用納米磁珠實現(xiàn)高通量、快速和精準操作。


圖1.mNGS檢測流程圖


03 樣本處理是mNGS的關鍵步驟

mNGS檢測具有獨特的性質(zhì):a)可檢測任意微生物,發(fā)現(xiàn)新的病原微生物; b)客觀檢測,不依賴假設;c)靈敏度極高,可定量檢測核酸; d)可檢測基因組的任一部分。因此,mNGS上機測序的核酸樣本非常關鍵,確保無外源核酸的污染。


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撰稿人:王艷芝     |    修訂:彭穎靜

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